電視劇《特工任務》主要講述了境外情報組織「夜霧」開發了一款名叫「特工任務」的游戲，游戲玩家在未知情況下就已經開展間諜活動。

高天陽（韓庚飾）的表弟黃子誠（魏大勛飾）也在玩這款游戲還被「夜霧」盯上了。

黃子誠與姚瑤（李一桐 飾）搭檔完成線下任務，在完成任務的過程中黃子誠發現這個游戲并沒有那麼簡單，後來成為國安的線人。

高天陽與潛伏在特工游戲中的情報人員吳熙（周放 飾）互相配合，想要破獲間諜組織的秘密。眾人攜手一起粉碎間諜組織的陰謀。

國安是怎樣一步步的粉碎「夜霧」間諜組織在津海的陰謀？

最開始高天陽抓到一個攜帶涉密文件的間諜，他也是特工任務游戲的玩家。

涉密文件內的資料涉及到津海生物集團的一個項目，高天陽對生物集團進行調查發現于瀟月偷拿實驗標本。

高天陽跟蹤于瀟月發現弟弟黃子誠也被牽連其中，還有一個叫姚瑤的跟他搭檔，他們拿到標本準備飛往曼谷，高天陽他們拿到他們的行李發現標本被調包。

高天陽等人回到生物集團在于瀟月扔出標本的地方發現，在于瀟月撿走標本之前就有人將其調包。

高天陽和吳熙尋著線索發現了這人消失在了監控下，又盯上了一輛可疑的生鮮運輸車，通過這輛車找到了韓杰。

高天陽和吳熙發現韓杰就是「夜霧」的一條運輸線，準備放長線釣大魚。

于瀟月自盡，幸好國安及時趕到，但她只是一枚棋子，知道的很少，只知道威脅她竊密的人代號「教授」。

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